Základné podmienky prijatia na magisterské štúdium upravuje §56 ods. 2 zákona 131/2002 Z.z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov. V zmysle zákona 131/2002 Z.z základnou podmienkou prijatia na štúdium študijného programu druhého stupňa je absolvovanie študijného programu prvého stupňa v tom istom alebo príbuznom študijnom programe, na ktorý nadväzuje zvolený magisterský študijný program. Podmienky prijatia zahraničných študentov sú rovnaké, ako podmienky prijatia občanov Slovenskej republiky. V zahraničí získané úplné vzdelanie I. stupňa vysokoškolského štúdia je potrebné nostrifikovať (uznať jej platnosť) v SR a príslušné doklady o tom odovzdať v stanovenom termíne na študijnom oddelení.
Prihláška na vysokoškolské štúdium 2. stupňa (magisterské štúdium) musí obsahovať, resp. treba k nej pripojiť životopis. Uchádzač o magisterský študijný program, ktorý absolvoval bakalárske štúdium mimo PF UJS, pripojí k prihláške overenú kópiu diplomu, výpis výsledkov bakalárskeho štúdia s pečiatkou a podpisom z príslušného študijného oddelenia danej fakulty, vlastnoručne podpísaný štruktúrovaný životopis.
Ponúkané magisterské študijné programy na PF UJS v akademickom roku 2015/2016:
v študijnom odbore:
1.1.1 Učiteľstvo akademických predmetov v kombinácii
1.1.3 Učiteľstvo umelecko-výchovných a výchovných predmetov v kombinácii
Študijný program
Anglický jazyk a literatúra
Nemecký jazyk a literatúra
Maďarský jazyk a literatúra
Slovenský jazyk a literatúra
Matematika
Informatika
História
Katechetika
Biológia
Chémia
Na tu uvedené študijné programy je možné prihlásiť sa iba v kombinácii a len v dennej forme štúdia.
1.1.5 Predškolská a elementárna pedagogika
Študijný program
Učiteľstvo pre primárne vzdelávanie
Na tu uvedené študijné programy je možné prihlásiť sa iba samostatne (nie v kombinácii) a v dennej i externej forme štúdia.